Elizabeth sinh ngày 28 tháng 12 năm 1635 tại Cung điện Thánh James, là con gái thứ hai và người con thứ năm của Charles I của Anh và Henriette Marie của Pháp. Elizabeth được rửa tội tại đây vào 5 ngày sau, ngày 2 tháng 1, bởi William Laud, Tổng giám mục Canterbury. Năm 1636, Maria de' Medici, bà ngoại của Elizabeth, đã cố gắng hứa hôn cháu ngoại với con trai của Thân vương xứ Oranje, sau này là Willem II xứ Oranje. Mặc dù thực tế là Charles I cho rằng cuộc hôn nhân giữa một Vương nữ Anh với Thân vương xứ Oranje không đăng đối với địa vị của con gái, nhưng những rắc rối về tài chính và chính trị của nhà vua đã buộc Charles I phải cho chị gái của Elizabeth là Mary Henrietta, Vương nữ Vương thất, kết hôn với Willem.